Das grundlegende Prinzip ist die Nutzung von Reststoffen: Die Ausscheidungen der Fische und Futterreste aus der Fischzucht dienen den Nutzpflanzen (u.a. Gemüse, Kräuter) als Nährstoffe. Die Pflanzen reinigen dadurch das Wasser, welches dann für die Fische wiederverwendet werden kann. Gespart werden demnach maßgeblich Wasser, Dünger und Energie. Eine Aquaponik-Anlage verbindet daher die Erzeugung mehrerer Lebensmittel und arbeitet ressourcenschonender und deshalb nachhaltiger als die beiden Verfahren allein.